El manejo efectivo de vida silvestre mantenida en cautividad se basa en la aportación de conocimientos multidisciplinarios en los campos de cuidados animales, nutrición, veterinaria, genética, fisiología, junto al uso sistemático del método científico.  A lo largo de las dos últimas décadas se han adquirido conocimientos y experiencia importantes en el manejo de felinos silvestres mantenidos en cautividad. 

Una de las claves del manejo del programa de cría para la conservación del lince ibérico consiste en lograr un equilibrio entre el fomento de las conductas naturales de la especie (caza, territorialidad, interacciones sociales, etc.) y la creación de un entorno libre de estrés en el que los animales sean más proclives a aparearse.  Por esta razón, en el programa de cría las instalaciones de los ejemplares asemejan el hábitat natural de la especie en estado salvaje y se  aplican técnicas de enriquecimiento ambiental para favorecer el bienestar y conductas de los animales. Para obtener información importante para el manejo (peso de los ejemplares, estado potencial de gestación, etc.) son necesarias ciertas técnicas de entrenamiento que eviten el uso de métodos invasivos y a su vez ayuden a aumentar el vínculo entre los animales y sus cuidadores.

Los comportamientos de los ejemplares del Programa de Cría se siguen con un sistema de video-vigilancia que permite observarlos  sin causarles molestias durante las 24 horas del día.  Esto permite aprender muchas aspectos sobre conductas de la especie que no se podrían estudiar fácilmente en la naturaleza. Entre otras muchas cosas, este modo no invasivo de vigilancia ha permitido detectar que los cachorros de lince ibérico sufren un periodo agonístico en torno a la 6ª semana de vida en el que suceden peleas muy agresivas entre hermanos de camada, que pueden incluso acabar con la muerte de alguno de ellos.

1.        Utilizar criterios unificados para llevar a cabo el manejo de los ejemplares del programa de cría en cautividad.

1.Los diferentes centros de cría de lince ibérico, seguirán protocolos de manejo similares con el fin de unificar procedimientos, potenciar el bienestar animal y lograr la obtención de animales aptos para llevar a  cabo los programas de reintroducción.

1.2.  Identificar prioridades de investigación sobre aspectos de manejo en cautividad.

1.Cada especie tiene sus propias peculiaridades y, a pesar de que la información obtenida a partir de experiencias con otros felinos criados en cautividad sea útil, habrá que desarrollar técnicas de manejo especialmente adaptadas al lince ibérico. La investigación científica ha de ser la base para el desarrollo de las técnicas de cría y manejo, y a su vez ayudará a solucionar cuestiones que son difíciles de estudiar en la población silvestre.