O maneio em cativeiro tem como base dados interdisciplinares de vários campos do bem-estar animal, como nutrição, comportamento, genética, fisiologia e medicina veterinária, associadosao uso sistemático do método científico. Um dos desafios chave do Programa é atingir um equilíbrio entre o favorecimento de comportamentos naturais em cativeiro (caça, territorialidade, interacções sociais, etc.) e criar um ambiente livre de stress, onde os animais estejam confortáveis para se reproduzir. Por esta razão, o Programa de Reprodução tem preferência por instalações que recriem o habitat natural e que promovam os comportamentos naturais, usando o enriquecimento ambiental. Com o intuito de obter informações importantes sobre os animais (como a massa corporal ou determinar se uma fêmea está ou não grávida), são utilizadas técnicas de treino específicas, nomeadamanete para a realização de pesagens regulares, mantendo o lince sobre uma balança. Estas técnicas são usadas de modo a evitar métodos invasivos, que poderão induzir stress no animal, e permitem estabelecer uma relação de confiança entre linces e tratadores. É tido um cuidado especial para que não ocorra a domesticação dos linces em cativeiro,o que se torna um maior desafio no caso da criação de crias à mão, caso sejam abandonadas pelas progenitoras.

Os padrões de comportamento e de actividade dos linces estão a ser cuidadosamente observados por um sistema de videovigilância, que fornece informação bastante útil sobre as condutas que não são facilmente observadas na natureza, tais como o comportamento predatório ou o processo de desmame. Entre outras coisas, aprendemos que o comportamento reprodutor do Lince Ibérico segue um padrão semelhante ao dos outros felinos. A época de reprodução em cativeiro ocorre principalmente entre Janeiro e Abril, como também acontece na natureza. O período de acasalamento propriamente dito tem a duração de 2 a 3 dias, nos quais os linces acasalam uma média de 28 vezes (intervalo: 13- 65; n= 460 cópulas em 21 casais). O período de gestação, a partir da primeira cópula, varia de 63 a 66 dias (n=12). Todos os partos que ocorreram antes dos 61 dias de gestação (n=4) e que resultaram no nascimento de nados mortos ou fracos e pouco desenvolvidos, foram considerados prematuros. Apesar de a variação entre indivíduos ser bastante alta, a maioria das fêmeas é muito consistente no que respeita ao início do seu ciclo éstrico e à duração da gestação.

A duração do trabalho de parto (tempo compreendido entre as primeiras contracções e o nascimento da última cria) varia muito entre as fêmeas, com casos em que o intervalo entre crias é de 10-15 minutos, enquanto noutros o intervalo atinge até 9 horas. As fêmeas primíparas têm uma taxa de insucesso mais elevada na criação das crias do que as fêmeas experientes. O sistema de videovigilância permite uma detecção mais precoce de problemas, o que tem resultado no resgate de várias crias de Lince Ibérico que foram criadas à mão, após terem sido abandonadas pelas progenitoras.

Este sistema de vigilância não invasiva tem também permitido identificar a existência de um período sensível, em que as crias de Lince Ibérico se tornam altamente competitivas, ao ponto de ocorrer fratricídio. Verificou-se o aparecimento de agressão espontânea aos 44 dias de idade, na primeira ninhada de Lince Ibérico nascida em cativeiro. A cria maior (uma fêmea), numa ninhada de três, foi morta por um irmão através de mordidas letais na laringe e no crânio. Tem sido observado um comportamento agonístico em nove de onze ninhadas de Lince Ibérico subsequentes, constituídas por duas ou mais crias. O período de lutas mais intenso ocorre por volta da sétima semana pós-parto. Este mesmo fenómeno tem sido observado no Lince Euroasiático, por cientistas russos no centro de Tcherngolovka. Foram registados comportamentos agressivos em 16 de 31 ninhadas, com ocorrência de morte em 4 casos. Os autores indicam que a maior prevalência de comportamento agonístico em crias de Lince Euroasiático ocorreu entre os 36 e audemars piguet replica os 64 dias de idade, correspondendo a maior frequência à sétima semana pós-parto.

Embora o fratricídio em Lince Ibérico não tenha sido directamente observado na natureza, foi encontrada uma cria de um mês de idade em 2003, com lesões graves compatíveis com mordidas de outra cria. Poderá também ser relevante o facto de as fêmeas de Linces Ibérico em liberdade parirem geralmente três crias, mas 70% destas serem observadas apenas com duas crias cerca de três meses após o parto. A agressão entre crias de Lince Ibérico tem influenciado o maneio utilizado no Programa, de modo a que os vigilantes e tratadores estejam preparados para separar crias agressivas durante o período crítico.