Os estudos da fisiologia reprodutiva e das tecnologias associadas aumentam a taxa de sucesso de qualquer programa de repodução em cativeiro e são importantes contributos para a conservação de felídeos selvagens. As tecnologias reprodutivas estão disponíveis com três objectivos principais: (1) avaliação da fertilidade e monitorização do estado reprodutivo; (2) assistência reprodutiva e manutenção da diversidade genética; e (3) aprendizagem de mecanismos reprodutivos de espécies ameaçadas como o Lince Ibérico.

Com base na necessidade de informação básica sobre a espécie, os trabalhos a nível de reprodução e maneio têm estabelecido/reconfirmado dados normativos em termos de maturidade sexual (machos, 2-3 anos; fêmeas, 2-3 anos), duração do estro (3-7 dias), número de cópulas por casal (média de 28) replica horloges e intervalo de gestação (63-66 dias). A monitorização das hormanas fecais tem demonstrado que as fêmeas apresentam ciclos ováricos entre Janeiro e Maio, enquanto os machos mantêm os níveis de testosterona todo o ano. Mas as peculiaridades da espécie também têm sido reveladas, por exemplo, as concentrações de metabolitos de estrogénio durante a gestação são significativamente maiores do que noutras espécies de felídeos. Adicionalmente, os perfis de excreção de progesterona são estranhamente longos, principalmente porque o corpo lúteo (estrutura remanescente da ovulação prévia) permanece activo muito mais tempo do que na maioria dos outros felídeos. Uma actividade lútea prolongada em fêmeas não gestantes foi também descrita no Lince Euroasiático, espécie muito próxima do Lince Ibérico, e no Lince do Canadá, sugerindo um mecanismo conservado idiossincraticamente nos linces em geral.

Relativamente à fisiologia reprodutiva do macho, os parâmetros do esperma do Lince Ibérico são inferiores aos descritos para outras espécies de felídeos, mas superiores aos do Lince Euroasiático e do Bobcat. Também já foi concluído que espermatozóides de Lince Ibérico após descongelação são capazes de fertilizar oócitos viáveis de gato doméstico in vitro, permitindo assim examinar a capacidade funcional dos espermatozóides desta espécie em condições laboratoriais. 

A população ex situ também tem sido utilizada para explorar um novo meio de diagnóstico de gestação. Uma vez que em todas as fêmeas em que ocorre ovulação se verifica um aumento da progesterona (independentemente da presença ou não de gestação), a monitorização hormonal convencional não é útil na identificação de uma fêmea gestante. Contudo, concentrações crescentes da hormona relaxina (no sangue e na urina), são indicativas de gestação em felídeos. Foi desenvolvido um método não-invasivo único de colheita de sangue, utilizando insectos hematófagos Triatomine (Rhodnius prolixus ouDipetalogaster maxima). Estes são colocados em orifícios especialmente criados nas cortiças do ninho dos linces. Através deste método é possível a recolha de um volume de sangue suficiente para análise (no máximo 2 ml por insecto). A urina é recolhida utilizando colectores especiais, distribuídos ao longo do cercado do animal. As fêmeas gestantes expressam um sinal positivo de relaxina a partir dos 32 a 57 dias após a cópula, permitindo a preparação para um parto iminente.

Com o objectivo de auxiliar a reprodução e manter a diversidade genética, o Programa ex situ do Lince Ibérico colabora com Bancos de Recursos Biológicos (BRBs), para a conservação de biomaterial recolhido das populações selvagens e em cativeiro. Actualmente, as amostras encontram-se armazenadas em dois locais: o Museu Nacional de Ciências Naturais em Madrid e a Universidade Miguel Hernández em Elche, Alicante. Embora o primeiro esteja especialmente dedicado a amostras reprodutivas e o segundo a células somáticas multipotentes, ambos preservam tecidos, sangue, plasma, entre outros materiais biológicos. A conservação de gâmetas permitirá ao Programa desenvolver opções futuras, sem a limitação do espaço ou do risco de transmissão de doenças. Simultaneamente, permite prolongar as possibilidades de reprodução de determinados animais, após a sua morte. Apresença de amostras nestes BRBs constitui uma rede segura para estes materiais de valor imprescindível e garante a sua disponibilidade para análises adicionais sempre que necessário, representando assim uma fonte crucial para potenciais estudos retrospectivos.